在留期間更新・変更の手数料はいくら？2026年10月1日からの新料金と会社が確認すること

2026年10月1日に受理された申請から、在留資格変更・在留期間更新の手数料が許可される期間に応じた段階制になり、永住許可は20万円になりました。新料金表、9月申請分の扱い、オンラインと窓口の違い、会社負担の決め方を整理します。

2026年10月1日に入管（出入国在留管理庁）に受理された申請から、在留資格変更許可と在留期間更新許可の手数料が変わりました。これまで一律6,000円（オンラインは5,500円）だったものが、許可される在留期間の長さに応じて1万円から7万5,000円までの段階制になり、永住許可は1万円から20万円になっています。9月30日までに受理された申請は、許可が10月以降になっても旧料金のままです。外国人社員を雇う会社にとっては、次の更新でいくらかかり、誰が払うのかを決め直すきっかけになる改定なので、要点をまとめておきます。

在留期間更新・在留資格変更の手数料はいくらになった？

新しい手数料は、申請のときに希望した期間ではなく、実際に許可された在留期間で決まります。窓口申請（収入印紙で納付）とオンライン申請で金額が異なり、オンラインのほうが少し安く設定されています。

許可された在留期間	窓口申請	オンライン申請
3か月以下	10,000円	10,000円
3か月超〜6か月	18,000円	15,000円
6か月超〜1年未満	25,000円	21,000円
1年	33,000円	27,000円
1年超〜3年未満	48,000円	42,000円
3年〜5年未満	64,000円	56,000円
5年以上	75,000円	65,000円

就労系の在留資格で多い「1年」なら窓口33,000円、「3年」なら64,000円です。オンライン申請では別に決済手数料（数百円）がかかります。手数料は許可が出たときに納めるものなので、不許可の場合には発生しません。再入国許可や就労資格証明書の額は変わっていませんが、オンラインでは決済手数料が上乗せされるようになりました。

9月中に申請した社員はどうなる？基準は「受理日」

新旧どちらの料金になるかは、許可が出た日ではなく、入管が申請を受理した日で決まります。9月30日までに受理された申請は、審査が長引いて許可が10月以降になっても旧料金です。反対に、10月1日以降に受理された申請は、すぐに許可が出ても新料金です。いま申請中の社員がいる会社は、受付票で受理日を確かめておけば、納める金額が分かります。

オンライン申請と窓口申請で何が違う？収入印紙は使える？

窓口申請は、これまでどおり収入印紙で納めます。審査が終わると金額を記載したはがきが届くので、その額の収入印紙を用意して受け取りに行きます。窓口でキャッシュレス決済は使えず、入管で買える収入印紙には限りがあるため、大きな郵便局で先に買っておくのが確実です。

オンライン申請は、10月1日以降に受理された分から収入印紙が使えなくなりました。審査完了のメールがアカウントの登録アドレスに届き、そこに書かれた金額をコンビニか銀行（ペイジー対応のATMやインターネットバンキングを含む）で支払います。クレジットカードやQRコード決済は使えません。もうひとつ注意したいのは、オンライン申請では手数料の減免手続きができないことで、減免を受けたい方は窓口での申請になります。会社が所属機関としてオンライン申請を使っている場合、支払い案内のメールは会社側のアカウントに届きますので、本人負担にしている会社は、届いたあと誰がどう払うのかを先に決めておくと受け取りが遅れません。

永住許可の手数料はいくら？

永住許可の手数料は、窓口申請で1万円から20万円になりました。あわせて同じ10月1日に永住許可に関するガイドラインも改定され、世帯年収や年金の納付状況の見方、原則として日本語B1相当という目安などが明文化されています。収入に関する部分は2026年4月1日以降の申請から先行して適用、全面的な適用は2027年4月1日以降の申請からとされています。永住を目指す社員がいる会社は、手数料だけでなく審査の考え方も変わったことを本人に伝えておくとよいでしょう。細かな適用関係は入管庁のガイドラインをご確認ください。

手数料は会社と本人のどちらが払う？

法律上、手数料は申請人である本人が納めるもので、会社に負担する義務はありません。ただ、会社主導で採用した社員や、特定技能のように会社が受け入れ手続きの中心になる在留資格では、会社が負担している例が多くあります。数千円のうちは曖昧なままでも困りませんでしたが、1年の更新で3万円台、3年で6万円台となると、ルールを決めていない会社では更新のたびに揉めるもとになります。

ここが実務では一番のポイントで、会社負担か本人負担か折半かを決めて、雇用契約書や就業規則、社内規程に書いておくことをおすすめします。外国人社員の間で扱いが違うと不公平感につながりますので、同じ基準を全員に当てはめるのが無難です。会社負担とする場合の経理・税務上の扱いは、負担の目的や規程の整え方で変わりますので、顧問の税理士にご確認ください。なお、国に納める手数料と行政書士の報酬は別のものです。

在留期間を短く希望すれば手数料は安くなる？

申請書には希望する在留期間を書く欄がありますが、期間を決めるのは入管で、希望どおりになるとは限りません。仮に短い期間で許可されても毎年更新が必要になり、窓口申請で1年の更新を3回繰り返すと99,000円で、3年の許可を1回受ける64,000円より高くなります。永住許可の審査では原則として最長の在留期間を持っていることが求められるので、短い期間が続くのは永住の面でも不利です。長い期間が許可されたのは会社の安定性と本人の実績が評価された結果でもあるので、前向きに受け止めてよいと思います。

会社がいま確認すること

まず、在留期限が近い社員と申請中の社員を洗い出し、受理日を確認してください。更新申請は在留期限の3か月前から出せるので、年内に期限を迎える社員は、いつ申請するかを早めに決めておくと余裕が持てます。次に、費用負担のルールを決めて文書にします。外国人社員が多い会社では年間の手数料が数十万円単位で増えることもあるので、来期の予算にも反映しておきたいところです。そのうえで、まだ窓口申請だけの会社は、所属機関としてオンライン申請を使えるようにしておくと、手数料が安くなり、収入印紙を買いに行く手間もなくなります。

よくある質問

10月1日より前に申請して、まだ結果が出ていません。新しい手数料になりますか？

いいえ。手数料は入管が申請を受理した日で決まりますので、9月30日までに受理されていれば、許可が10月以降でも旧料金（窓口6,000円、オンライン5,500円）です。

海外から社員を呼び寄せる在留資格認定証明書交付申請にも手数料がかかりますか？

2026年10月時点の入管庁の案内では、今回の改定の対象は在留資格変更、在留期間更新、永住許可の手数料で、認定証明書交付申請は含まれていません。最新の状況は入管庁の案内でご確認ください。

会社が手数料を負担した場合、社員の給与として扱われますか？

税務上の扱いは、負担の目的や社内規程の整え方によって変わりますので、顧問の税理士にご確認ください。弊所では、費用負担のルールづくりの段階からご相談に応じています。

手数料の減免はありますか？

経済的に困難な方を対象にした減免の仕組みが入管庁のガイドラインで示されています。ただし、オンライン申請では減免の手続きができないため、減免を希望する場合は窓口での申請になります。

アンドシードへのご相談

外国人雇用・在留資格のご相談は、行政書士事務所アンドシードへ。更新時期の管理や費用負担のルールづくりからお手伝いします。

この記事について

行政書士事務所アンドシード（名古屋市昭和区）は、在留資格の変更・更新・永住許可の申請取次を中心に、外国人を雇用する企業をサポートしています。更新時期の管理や費用負担のルールづくりからご相談いただけます。

〒466-0064 愛知県名古屋市昭和区鶴舞二丁目7番10号 渡辺第1ビル201号室メール hibi.yasumoto@andceed.com ／ TEL 052-990-3442事務所HP https://www.andceed.com/ ／ Facebook https://www.facebook.com/ANDCEED

本記事は2026年10月9日時点の出入国在留管理庁の公表資料をもとに作成しています。制度の細部は変わることがありますので、申請の際は入管庁の最新の案内をご確認ください。

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この記事は、当事務所の記事サイト「外国人雇用と在留資格のノート」にも掲載しています。掲載元：https://lp.andceed.com/zairyu-tesuryo-kaitei-2026/

English version: https://lp.andceed.com/en/zairyu-tesuryo-kaitei-2026/